Tài liệu sớm nhất về các hang động tại Gunung Mulu là vào năm 1858 khi Spenser St. John lúc đó là Lãnh sự Anh tại Brunei đề cập đến những khối đá vôi riêng rẽ bị xói mòn bởi nước, với những hang động và đường hầm tự nhiên trong cuốn sách của ông có tựa đề "Life in the Forests of the Far East" (Cuộc sống trong các khu rừng của Viễn Đông). Spenser đã cố gắng leo lên núi Mulu sau đó nhưng không thành công do các vách đá vôi, rừng rậm và các đỉnh nhọn.[2]

Vào thế kỷ 19, Charles Hose của Vương quốc Sarawak đã cố gắng leo lên núi Mulu nhưng không thành công. Chỉ đến những năm 1920, khi một thợ săn tê giác Berawan tên là Tama Nilong phát hiện ra sườn núi phía tây nam gần ngọn núi cuối cùng dẫn lên đỉnh núi. Năm 1932, Tama Nilong dẫn Lord Shackleton trong một cuộc thám hiểm của Đại học Oxford tới đỉnh núi Mulu, và đây là lần đầu tiên chinh phục thành công núi Mulu.[3] Năm 1961, G.E. Wilford thuộc Cơ quan Khảo sát Địa chất Malaysia đã đến thăm các hang động Mulu. Ông đã khảo sát hang Deer và hang Winds. Ông cũng đưa ra dự đoán rằng, sẽ còn nhiều hang động tại đây sẽ được khám phá trong tương lai.[2]

Vào năm 1974, núi Mulu và các khu vực xung quanh được chính phủ Sarawak coi là vườn quốc gia. Năm 1978, Hiệp hội Địa lý Hoàng gia đã tổ chức một đoàn thám hiểm đến Vườn quốc gia Mulu.[4] Đây là chuyến thám hiểm lớn nhất từng được phái đến từ Vương quốc Anh. Cuộc thám hiểm kéo dài trong 15 tháng và đã khám phá được 50 km hang động. trong cuộc thám hiểm này, Hệ thống hang Clearwater, hang Green, Wonder và Prediction đã được thăm dò.[2] Vào thời điểm đó, không có bất kỳ sân bay hay đường xuyên rừng nào dẫn đến Mulu. Một khu trại được thành lập tại Long Pala, và để đến được đây phải mất đến ba ngày đường từ Miri.[5] Do đó, việc khám phá các hang động ở sườn phía tây của núi Api được tiến hành. Vào tháng 12 năm 1980, một đội thám hiểm khác của Anh đã được gửi đến hang động của Mulu trong bốn tháng, và buồng hang Sarawak nằm trong Gua Nasib Bagus đã được phát hiện. Năm 1984, Gunung Mulu được công nhận là Vườn di sản ASEAN, một trong những địa điểm đầu tiên có được danh hiệu này.[6] Năm 1985, vườn quốc gia chính thức mở cửa cho công chúng tham quan.[2] Trong một cuộc thám hiểm của Anh vào năm 1988, một đường lối dẫn đã được thiết lập giữa hang Clearwater và Winds, kéo dài hang Clearwater thành 58 km (190.000 ft), được cho là lối đi hang động dài nhất ở Đông Nam Á. Hang Blackrock cũng được phát hiện trong chuyến thám hiểm này.[7] Năm 1991, một lối đi khác đã được phát hiện giữa hang Blackrock và Clearwater, làm cho hang Clearwater kéo dài lối đi lên thành 102 km (335.000 ft), trở thành lối đi hang động dài thứ 7 trên thế giới. Giữa năm 1993 và 2000, các đoàn thám hiểm Anh đã khám phá sườn phía đông của núi Api với một số khám phá được thực hiện tại Thung lũng Hidden.[2]

Giữa năm 1995 và 2000, một nhóm thám hiểm người Mỹ đã khảo sát núi Buda (Gunung Buda).[8] Trong những cuộc thám hiểm này, hang Deliveryance đã được phát hiện.[2] Năm 2000, vườn quốc gia chính thức được UNESCO công nhận là Di sản thế giới. Với diện tích 52.864 hécta (528,64 km2), đây là vườn quốc gia lớn nhất tại Sarawak.[4] Năm 2001, vườn quốc gia Gunung Buda được chính phủ Sarawak thành lập.[9]

Từ năm 2000, các đoàn thám hiểm người Anh đã chuyển trọng tâm để khám phá các hang động xung quanh núi Benarat. Hang Whiterock đo đó được phát hiện vào năm 2003. Năm 2005, lối đi liên kết hang Whiterock với hệ thống hang Clearwater được phát hiện, do đó mở rộng hệ thống hang Clearwater lên tới 129,4 km.Buồng han Api cũng được phát hiện trong cuộc thám hiểm đó.[10] Các cuộc thám hiểm tiếp theo được tập trung vào việc khám phá thêm những lối đi còn ẩn giấu trong hang Whiterock. Năm 2017, chiều dài hang Whiterock được đo là 100 km (330.000 ft) và hang Clearwater được đo lên đến 226,3 km (742.000 ft).[2]